В 649 году он стал епископом Римским, тогда как правящий император Конста был приверженцем монофелитской ереси. Император велел новому епископу принять монофелитство, но получил от него не только твердый отказ, но и проклятие: в 653 году святитель Мартин собрал поместный собор из западных епископов, на котором монофелитское учение было проклято.
Разъяренный император приказал своему военачальнику Олимпию арестовать святителя Мартина. Олимпий прибыл в Рим, где еще продолжались заседания собора, и, не решившись действовать в отрытую, велел одному из своих военных убить святого Мартина прямо в церкви. Воин спрятал меч под одеждой, но когда на глазах у Олимпия подошел к святому, вдруг ослеп. Пораженный Олимпий не тронул святого и не исполнил императорский приказ, - впоследствии он был убит на войне в Сицилии.
Тогда император Конста послал другого военачальника, Федора Каллиопа, чтобы тот заточил епископа в тюрьму по ложному обвинению в еретичестве. Не слушая никаких оправданий святого Мартина, Каллиоп ночью арестовал его и на корабле отправил на Цикладские острова, где святой пробыл в заточении целый год, перенося пытку голодом. Власти не разрешали даже приносить ему еду. А у тех, кто все же приносил узнику пищу, ее отнимали стражники, обвиняя сострадавших мученику в пособничестве врагу отечества.
В 654 году истерзанного мучениями и очень больного святителя Мартина привезли в Византию, для суда над ним, и после долгих издевательств приговорили его к смерти. Полураздетого, в разорванной одежде святого поволокли в преторию, перед ним несли обнаженный меч. Процессию сопровождала толпа народа, одни плакали, а другие глумились: «Где есть Бог его, где учение веры его?».
В претории святого заточили в темницу, где от холода и кровоточащих ран он едва не умер. Только жена стражника пожалела мученика и тайно взяла его к себе в дом. В это время скончался патриарх Павел, когда-то причинивший святому Мартину немало зла. Перед смертью, раскаявшись в своих злодеяниях, он просил императора ослабить страдания мученика и не тронуть его. Тогда по приказу императора святого не казнили, а на корабле отправили его в Херсонес, в Инкерманские каменоломни, где вновь мучимый голодом, он прожил еще два года. В сентябре 655 года святой Мартин умер и был погребен во Влахернской церкви за городом Херсонесом (Севастополем). У его гробницы произошли чудесные исцеления, а потом святые мощи мученика были перенесены сначала в Константинополь и затем в Рим, где обрели покой в храме святого Мартина Турского.

Здесь, на Таганке, в скромной и отдаленной части старой Москвы начинали свою коммерческую деятельность и Щукины, и Бахрушины, и Алексеевы, да и сама Таганка была в то время уже торговым районом Москвы. Жили здесь и знаменитые Зубовы, выходцы из купеческого рода, которые прославились стараниями и трудами по изучению русской культуры. Они тоже были прихожанами Мартиновского храма и с конца XIX столетия владели соседним с ним домом на Большой Алексеевской, 9, ближе к Таганской площади, где жили в зимние месяцы. Этот дом перешел к Зубовым от потомственного почетного гражданина Москвы А. Полежаева, чей вензель так и остался на фронтоне особняка. Еще недавно это великолепно отреставрированное здание было закрыто глухим забором, а в газетах, по телевидению, на лекциях в Московском университете энтузиастов приглашали в выходные принять участие в работах по восстановлению «особняка Зубовых».
Отец семейства, Павел Васильевич Зубов был страстным коллекционером. Он собрал коллекцию восточных монет, библиотеку по востоковедению и редчайшую коллекцию музыкальных инструментов, которая перешла к нему еще от отца: в доме на Большой Алексеевской можно было увидеть скрипки Страдивари, Гварнери и Амати. Говорят, что его собранию позавидовал бы Британский музей, но зубовской коллекцией завладел Русский Государственный Исторический музей.
Кроме того, Зубов занимался благотворительностью. Он был председателем попечительства о бедных Рогожской части, существовавшем в приходе Мартиновского храма, расположенного на улице, соединяющей Таганку и Рогожку. С Мартиновским храмом были связаны и вехи личной жизни Зубова - в 1899 году он венчался в нем со своей супругой, Н. М. Грачевой, здесь же крестил четверых своих детей. А в 1921 году, в тяжелое для вероисповедания время, Павла Зубова отпевали в храме святителя Мартина Исповедника и захоронили в тех же местах - на погосте Спасо-Андроникова монастыря. В советские годы его могила, как и другие захоронения в монастыре была погублена - огромные могильные плиты, кресты, старинные надгробия, каменные дощечки с надписями вязью были разложены внутри вдоль стен монастыря, как экспонаты для посетителей музея. Однако в последние годы могила Зубова была обнаружена и на ее месте поставлен крест.